5991 5248JAJP

Document technical information

Format pdf
Size 2.6 MB
First found May 10, 2016

Document content analysis

Category Also themed
Language
Japanese
Type
not defined
Concepts
no text concepts found

Transcript

Skyline プロテオミクスソフトウェアによる
ターゲットプロテオミクス研究
アジレントのソリューションによる
新たなパスウェイの発見
研究に最適なツール: アジレントの LC/MS と
Skyline ソフトウェア
ターゲットタンパク質の分析では、
どのようなツールを用いたかによって、結果が大きく異なる場合があります。適切な
機器とソフトウェアを用いると、研究を順調かつスピーディに進めることができます。Agilent LC/MS 機器とシアトルのワシ
ントン大学の MacCoss グループの Skyline ソフトウェアの組み合わせは、
まさにタンパク質の分析と定量のための最適な
ツールといえるでしょう。
Skyline は、無料の Windows クライアントアプリケーションで、世界中のリーダー的なラボで広く使用され、高く評価されて
います。また、
アジレントの機器およびソフトウェアとは特別に密接に統合されています。
カスタマイズされた機能
シームレスな統合
2 つのプログラム
Skyline ソフトウェアは、
プロテオミクス
アジレントは、Agilent Automation と呼ばれ
研究用に特別に設計されています。イ
る独自のソフトウェアを開発しました。
MassHunter
ンタフェースはタンパク質からペプチ
このソフトウェアは、MRM メソッド開発
• 日常的な定量
ドまで、さらに MRM トランジションま
を簡素化し、生産性を向上させます。
でを取り扱うことができ、
プロテオミク
Agilent Automation は、Agilent トリプル四重
スに携わる研究者は、直観的に作業を
極システムと Skyline を接続して、最適化
進めることができます。
されたリテンションタイムでスケジュー
アジレントは、長期間にわたる Skyline
のサポーターとして、MacCoss ラボの
科学者たちと緊密に研究を発展させ
てきました。この結果、Skyline はアジ
レントの装置用にカスタマイズされた
機能も備えています。私たちは共同で
Agilent Automation ソフトウェアにリンク
する Skyline のユーティリティを、
オー
プンソースソフトウェアとして作成しま
した。
ルされた MRM メソッドを自動的に作成
• 異常値検出のための有用なフラッギ
ングおよび視覚化ツール
• tMRM スペクトルをライブラリと照合
することによるペプチドの確認
します。
Skyline
• アミノ酸組成に配慮したアルゴリズム
• データ検証用の優れた視覚化ツール
• 有用なペプチドの MRM 予測
• リテンションタイムを予測し、スペク
トルを照合するための強力なツール
• ユーザのフィードバックに基づく継続
的な改善
Skyline は、ペプチドメソッドおよび目的タ
ンパク質のデータ検証を開発するため
の優れた環境を提供します。MassHunter
Quant ソフトウェアは、ペプチドの日常的
な絶対定量に最適です。
2
Agilent 製品と Skyline の接続
Spectrum Mill
Skyline ソフトウェア
Agilent Q-TOF システム
Agilent トリプル四重極システム
Mass Profile Professional
Pathway Architect
3
従来の MRM 測定の限界を打破
既知のタンパク質の定量分析においては、トリプル四重極質量分析計が一般的に使用されてきました。しかし、サ
ンプルが複雑化し、適切な定量シグナルおよび定性シグナルを捕捉する機能がマルチプルリアクションモニタリング
(MRM) メソッド設定の実用限界に達しました。
その結果、プロテオミクスの研究者はさまざまな方法でこの問題に取り組み、アジレントの機器と Skyline ソフトウェア
が多く使用されてきました。
自動化された
最適化プログラム
アジレントの Skyline 自動化ツールは、
重要なメソッドの開発および最適化プ
ロセスを自動化することによって新し
いメソッドの作成をより簡単にします。
Skyline と MassHunter は連携して動作し、
容易に設定可能なソリューションを提供
します。サンプルをバイアルに置きパラ
メータをセットアップするだけで、残り
はソフトウェアが実行します。プログラ
ムによってメソッドが作成され、サンプ
ルを実行する準備が整います。
カラムやメソッドの交換時、
複雑なメソッ
2 つのモード
Skyline は、
トリプル四重極 LC/MS システ
ムの MRM 測定法の限界を超えるため
にアジレントが開発した 2 つのモードを
サポートしています。
1 つはダイナミック MRM モードで、ペプ
チドの溶出時にのみ MRM トランジショ
ンを実施します。これにより、多数のペプ
チドアッセイの実施と狭いピーク幅の正
確な定量が可能になります。ダイナミッ
ク MRM は、任意のポイントでモニタリン
グされるトランジションの数がタイムセ
4
グメントメソッドよりも大幅に少ない場
合によい結果が得られます。さらに高速
の MS スキャンとより長いデュエルタイ
ムの測定を実現できます。
もう 1 つは、
トリガ MRM モードです。
データ依存のロジックを追加し、ペプチ
ド確認のためにトランジションをさらに
測定します。
トリガ MRM は、従来のデー
タ依存型 MS/MS スキャンよりも高速か
つ高感度で、擬似 MS/MS スペクトルを
生成し MassHunter Quant でライブラリ照
合に使用することができます。
ドでのリテンションタイムの調整に時
間がかかる場合があります。MassHunter
のリテンションタイムキャリブレーショ
ンツールはリテンションタイムの変更
に対処するためにメソッドを容易に調整
できるように設計されています。Skyline
は、ペプチドリテンションタイムを保存
し予測できる iRT 機能も備えています。
Agilent MassHunter と Skyline ソフトウェア
は連携して、ペプチドの定量分析をより
高速、
より容易、
より高い生産性で実現
します。
Agilent Automation ツールを使用した、簡易な 3 ステップの自動化 MRM 測定
1
RT の決定
2
CE の最適化
3
最終メソッドの作成
• Skyline のドキュメントの作成
• MRM 結果のインポート
• CE 最適化の結果のインポート
• タンパク質 / ペプチド情報の
追加
• CE 最適化メソッドの
エクスポート
• 最終ダイナミック MRM
メソッドのエクスポート
• MRM メソッドのエクスポート
• CE 最適化の実行
• 最終メソッドの実行
• MRM 分析の実行
1
2
3
Agilent Automation ツールを使用すると、
MRM メソッド開発用のステップやパラメータを選択できます。
5
データを答えに変えるソフトウェア
トリプル四重極質量分析装置は、少数のタンパク質のターゲット定量プロテオミクスに最適な機器です。一方、多数
のタンパク質をモニタリングする場合、Q-TOF 質量分析計がターゲット MS/MS プロテオミクス用に最適な機器です。
ターゲット MS/MS プロテオミクスは、ペプチド MS/MS スペクトルをターゲットリストに基づく分析手法で収集します。
測定したスペクトルをペプチド MS/MS ライブラリで確認することによって、対象となる特定のタンパク質の配列からペ
プチドを同定します。
柔軟なデータ取り込み
Skyline と MassHunter は様々なデータ測
定法をサポートします。ターゲットリスト
を使用しない網羅的測定では、wideband
isolation や All Ions MS/MS を用いることが
できます。All Ions MS/MS は、四重極での
アイソレーション、2 つ以上のコリジョン
エネルギーによるコリジョンセル内の
フラグメントイオンを使用しません。こ
れらの手法はいずれも、Agilent Q-TOF シ
S k y l i n e は 、探 索 的 な 実 験 の デ ー タ
(discovery data) からスペクトルライブラ
リを構築し、MS1 フィルタリング用に設
定できます。この MS1 フィルタリングは
Agilent TOF および Q-TOF 機器で使用可能
です。このシナリオでは、MS1 データは
目的の特定のペプチドの定量に使用さ
れ、
ペプチドの同定にはには MS/MS スペ
クトルからのスペクトルライブラリが使
用されます。
知見の獲得
手法に関係なく、最初にあるのはスペク
トルデータです。データから答えを導出
する際に、Agilent Mass Profiler Professional
(MPP) ソフトウェアを使用すると、複雑な
タンパク質実験の多変数解析が可能に
なり、生物学的差異と相関のある主なタ
ンパク質を正確に特定できます。Skyline
ソフトウェアからアジレント機器で得られ
た結果を MPP にエクスポートできます。
ステムから得られる非常に高精度な質
Agilent Q-TOF は、非常に汎用的な機器で、
Skyline はタンパク質の情報を基に解析さ
量測定値により、適切に機能します。こ
ディスカバリープロテオミクスおよび
れるため、
エクスポートされた結果にはタ
の結果、
スペクトルデータのマイニング
ターゲット MS/MS プロテオミクスにも使
ンパク質アクセッション番号が含まれま
および照合を容易に実行できます。さ
用することができます。MRM モードのト
す。この番号により、生物学的パスウェイ
らに、
Skyline は、Agilent Spectrum Mill ソフト
リプル四重極型質量分析装置は究極の
でのタンパク質を Mass Profiler Professional
ウェアで生成されるライブラリなど、公
感度を提供しますが、同定および定量す
の Pathway Architect モジュールで視覚化で
的に利用できる、
またプライベートに作
るための Q-TOF の機能はラボにとってよ
きます。
成されるペプチド MS/MS ライブラリを
り重要になることもあります。Skyline ソ
作成するために使用可能です。
フトウェアは、
ターゲット定量モードでの
動作時に、Q-TOF データをシームレスに
処理するために設計されました。
6
Skyline による Agilent Q-TOF のすべての捕捉モードでのサポート
MS1 full-scan フィルタリング
四重極でのプリカーサ
アイソレーション
コリジョンセル
ターゲット
ペプチドライブラリ
Skyline
コリジョンセル
ターゲット
ペプチドライブラリ
Skyline
コリジョンセル
ターゲット
ペプチドライブラリ
Skyline
Wide-band isolation
四重極でのシーケンシャル
アイソレーションタイム
ウィンドウ
All Ions MS/MS
A
B
C
precursor - 575.3111++
precursor [M+1] - 575.8126++
precursor [M+2] - 576.3140++
12.5
+1.9 ppm
1.2
160
80
1.0
0.4
0.2
60
Intensity (10^3)
0.6
50
40
30
6
8
10
12
14
Retention Time
16
18
120
100
80
60
20
40
10
20
29.2
0
0.0
0
5
10
15
12.6
140
12.6
70
0.8
Intensity (10^3)
Intensity (10^6)
y8 - 937.4625+
y7 - 823.4196+
y6 - 694.3770+
b2 - 213.1598+
y8 - 937.4625+
y7 - 823.4196+
y6 - 694.3770+
y5 - 595.3086+
b2 - 213.1598+
b4 - 456.2453+
20
Retention Time
25
30
13.1
15.0
0
0
5
10
15
20.7
21.9
20
25
30
Retention Time
A) MS1 Full-scan filtering を使用した分析、B) Wide-band isolation を使用した分析、
C) Agilent All Ions MS/MS を使用した分析
7
お問い合わせ先
カストマコンタクトセンタ
0120-477-111
www.agilent.com/chem/jp
[email protected]
本資料掲載の製品は、
全て研究用です。診断目的では使用できません。
本資料記載の情報は予告なしに変更されることがあります。
アジレント・テクノロジー株式会社
© Agilent Technologies, Inc. 2014
Printed in Japan, October 22, 2014
5991-5248JAJP

Similar documents

×

Report this document